华大海洋在水生生物基因组研究、分子标记辅助育种和基因组选择育种、水生生物基因大数据挖掘与保存等领域提供科研服务。科研服务的对象包括中国水产科学研究院、中山大学、厦门大学、华南农业大学、华南师范大学、南京师范大学、汕头大学、海南大学、海南热带海洋学院、海南省海洋与渔业科学院、广东省海洋渔业试验中心等单位。

具体服务内容包括基因组测序与组装，主要内容是采用二代短片段测序、三代长片段测序和HIC测序获得染色体级别的基因组精细图谱（图1），并对基因组重复序列进行注释和基因集进行注释，以及基因组和基因集完整性的评估等基本内容。

基因组个性化分析，结合目标物种的生物学特征或特殊性状，挖掘相关的基因或调控通路，并结合转录组、蛋白质组等多组学数据或基因功能验证实验等阐述遗传机理。

高密度遗传连锁图谱构建，利用全同胞家系材料，采用全基因组重测序或简化基因组测序，识别家系群体的SNPs，采用JoinMap、LepMap等软件流程构建遗传连锁图谱。

连锁分析，利用全同胞家系的表型数据，在构建遗传连锁图谱的基础上，定位与性状相关的区域。

全基因组关联分析，基于自然群体全基因组重测序或简化基因组测序，识别自然群体的SNPs，并结合表型数据，识别与性状显著相关的SNPs。

基因组选择模拟分析，基于真实的SNP数据和表型数据，利用模拟软件，产生大规模的模拟SNP数据和表型数据，并对遗传力、群体数量、SNP数量、QTL数量、变异频率等设置不同的参数，评估不同基因组选择算法的准确性，为真实的基因组选择提供重要参考。

基因大数据挖掘与保存，从样本的鉴定、采集、保存、测序方法等方面形成规范性操作文档，建立生物样本库，对测序下机数据进行标准分析，形成规范统一的数据库，为生物基因大数据的应用提供基础。