华大海洋已建立成熟的分子标记辅助育种和基因组选择育种技术体系。对于由少数主效基因控制的性状，可采用分子标记辅助育种技术，该技术可识别出与性状显著相关的标记位点，然后可利用这些位点信息筛选优质的亲本，建立优良繁育群体。

对于由微效多基因控制的性状，可采用基因组选择育种技术，该技术主要是计算出全基因组范围每个变异位点对表型性状的效应值，然后利用这些位点计算候选群体中每个个体的基因组估计育种值，候选可根据基因组估计育种值选择优质的亲本，建立优良繁育群体。

鱼类全基因组关联分析，主要从自然群体的构建流程和方法、组织样本的采集和DNA提取、测序文库构建、下机数据过滤处理、SNP分型、关联分析的流程和步骤给出了标准化的操作步骤。

鱼类高密度遗传连锁图谱构建方法，主要从家系群体的构建流程和方法、组织样本的采集和DNA提取、测序文库构建、下机数据过滤处理、SNP分型、遗传连锁图谱构建的流程和步骤给出了标准化的操作步骤。

此外，华大海洋分子育种研发团队完善了基因组重测序数据分析流程，使其能高效、准确完成SNP、CNV等多态位点的开发。系统整合并开发了基因组选择模拟分析的流程，通过模拟分析有助于拟定合适的群体构建策略、标记数量和计算模型，从而合理控制基因组选择的成本。