华大海洋已建成广东省海洋经济动物分子育种重点实验室、广东省海洋经济动物种业工程研究技术中心，在石斑鱼、卵形鲳鲹、斑点叉尾鮰、南美白对虾、中华绒螯蟹、青虾和金线鲃等水产动物的分子标记辅助育种和基因组选择育种方面取得了丰硕的成果。        
           

华大海洋构建了国内第一张水产动物高密度遗传连锁图谱——石斑鱼高密度遗传连锁图谱，还构建了大黄鱼、卵形鲳鲹、亚洲龙鱼、刀鱼等重要水产动物的高密度遗传连锁图谱。            

采用连锁分析的方法，鉴定到了斑点叉尾鮰性别相关的分子标记，利用该标记可在个体发育早期实现斑点叉尾鮰的遗传性别鉴定，为斑点叉尾鮰的性控育种提供技术支撑。        
           

系统开展了石斑鱼生长、氨氮耐受性状的基因组选择分析，该研究成果为石斑鱼的新品种选育提供了重要的理论和技术支撑。        
           

2018年，华大海洋研究院参与的《重要南方海水养殖鱼类良种培育》项目获得2017年广东省农业技术推广一等奖。
           

联合获批2个水产新品种——“太湖2号”青虾、“鲃优1号”滇池金线鲃。