近日，由华大海洋首席科学家石琼教授主持的深圳市科创委技术攻关项目“关键进化节点鱼类的全基因组测序技术研发”顺利通过验收（图1），该项目为水产新产种的培育、海洋生物资源的开发与利用与海洋药物的研发提供了技术支持。这是华大海洋获批的第二个技术攻关项目（编号：JSGG20170412153411369），起止时间：2017年8月至2019年8月，获批政府经费：450万元。 

项目组完成了包括“活化石物种”鲟鱼类（中华鲟、匙吻鲟和小体鲟）、洞穴鱼类（金线鲃）、两栖鱼类（弹涂鱼）、飞鱼、金龙鱼等共38个物种全基因组图谱的绘制工作。根据不同物种的基因组个性情况，制定相应的测序、基因组组装策略，获得最优基因组谱图。部分鱼类基因组信息已释放到公共数据库，实现数据共享。

同时，课题组整合包括本研究涉及的38个物种在内的144种鱼类的基因组数据，以及来自千种鱼类转录组国际计划（Fish-T1K）分享的159种鱼类的转录组数据，从整个鱼类的不同分类单元中精心挑选303种鱼类物种（囊括所有硬骨鱼72个目中的66个，占总分类单元的92%），装配出迄今最大的鱼类组学数据集；用统计检验解决了许多鱼类起源和演化过程中悬而未决的问题，构建了迄今为止最可靠、覆盖几乎所有关键进化节点的鱼类生命之树。

在38个鱼类基因组图谱绘制中，测序深度≥101.02倍（深度最高达1,154.9倍）；鱼类基因组组装ScaffoldN50≥2Mb（最长ScafoldN50达40.04Mb），有10多个基因组组装达到远超Scaffold的染色体水平；对复杂基因组鱼类均能接近1Mb，多倍体中华鲟（基因组8.54Gb）ScaffoldN50＞84kb；基因覆盖度都在95%左右。  

项目实施期间，共发表SCI论文15篇，申请发明专利5项；培养研究生5名，其中博士生2名、硕士生3名。有关参数皆已超过合同要求。

根据《深圳市科技计划项目管理办法》规定，深圳市科创委依据市科技计划项目合同，经专家核对（2020年6月9日结题答辩）、处室审定、社会公示（7月2至11日）等程序，认定项目组完成了合同约定的主要指标，财政资助经费使用符合合同约定，验收结论为“通过”。