千种鱼类转录组项目

千种鱼类转录组项目（Transcriptomes of 1,000 Fishes, Fish-T1K）旨在完成1,000种鱼类的转录组建库、测序、组装和分析。迄今，该项目已吸引了来自7个不同国家、25家知名机构院所的40个专家学者的积极参与，专业涉及鱼类生理学、分类学、基因组学、生物信息学、分子生物学等多个领域。Fish-T1K已规范收集和保存了高质量样本8,000 多份，涵盖硬骨鱼类59个目（总68个目，占86.76%），183个科（总398个科，占 45.98%），已完成其中300余份样品的转录组测序和组装。

       
图1. 鱼类“生命之树”

鱼类系统演化是Fish-T1K最重要的子课题之一。 2018年，Fish-T1K项目团队达到“覆盖所有目”的一期目标，共收集到303种鱼类物种的组学数据，囊括了所有硬骨鱼72个目中的66个，占总分类单元的91.66%。大数据整合了144种鱼类的基因组数据和159种鱼类的转录组数据，筛选出1,105个直系同源的外显子序列作为分子标记，构建了迄今为止最可靠的鱼类系统演化树（图1），成为Fish-T1K项目的里程碑事件。

       
图2. 三种淡水河魟毒素的比较转录组分析

Fish-T1K在另一重要子课题——有毒鱼类的毒素进化研究，也取得重要进展。在项目执行的7年时间里，项目组先后从黄颡鱼、淡水河魟、玫瑰毒鲉等多种有毒鱼类中高通量的挖掘到毒素多肽百余条（图2）。后续我们将通过蛋白质谱、小肽化学合成等实验技术手段对挖掘到的毒素肽进行初步的活性验证，为海洋新型药物研发提供大数据支撑。

有关Fish-T1K更多子课题的相关信息及数据库检索，欢迎访问Fish-T1K官方网站 https://db.cngb.org/fisht1k/。

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参考文献

1.Sun Y., Huang Y., Li X., Baldwin C.C., Zhou Z., Yan Z., Crandall K.A., Zhang Y., Zhao X., Wang M., Wong A., Fang C., Zhang X., Huang H., Lopez J.V., Kilfoyle K., Zhang Y., Orti G., Venkatesh B., Shi Q. Fish-T1K (Transcriptomes of 1,000 Fishes) project: large-scale transcriptome data for fish evolution studies. GigaScience, 2016, 5(1):18.

2.Hughes L.C., Orti G., Huang Y., Sun Y., Baldwin C., Thompson A.W., Arcila D.K., Betancurr-R R., Li C., Becker L., Bellora N., Zhao X., Li X., Wang M., Fang C., Xie B., Zhou Z., Huang H., Chen S., Venkatesh B., Shi Q. Comprehensive phylogeny of ray-finned fishes (Actinopterygii) based on transcriptomic and genomic data. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2018, 115(24):6249-6254.

3.Yi Y., Lv Y., You X., Chen J., Xu J., Deng L., Shi Q. High throughput screening of small immune peptides and antimicrobial peptides from the Fish-T1K database. Genomics, 2019, 111(3):215-221.

4.Silva F., Huang Y., Yang V., Mu X., Shi Q., Antunes A. Transcriptomic characterization of the South American freshwater stingray Potamotrygon motoro venom apparatus. Toxins, 2018, 10(12):544.

5.Huang Y., Wang M., Zhao X., Shi Q. Transcriptome sequencing of the gill and barbel of the Southern catfish (Silurus meridionalis) revealed immune responses and novel rhamnose-binding lectins (RBLs). Genomics, 2019, 111(3):222-230.

6.Xie B., Li X., Lin Z., Ruan Z., Wang M., Liu J., Tong T., Li J., Huang Y., Wen B., Sun Y., Shi Q. Prediction of toxin genes from Chinese yellow catfish based on transcriptomic and proteomic sequencing. International Journal of Molecular Sciences, 2016, 17(4):556.